DNA分子链复制碱基对的错误率约十亿分之一 ， 线粒体基因有1.7万个碱基对 ， 故每复制6万次会出个错 。 细胞从受精卵到再次形成卵子要分裂50次 ， 若平均生育年龄20岁 ， 线粒体基因出现一个突变要两万多年 。 因此能用错的碱基对数推算变异基因的出现时间 ， 若原基因未知就用现存基因间的差异估算 ， 这就是非洲起源说的基因学原理 。 用Y染色体道理一样 ， 但效果较差 ， 因为分子链太长 ， 一代就突变 ， 测序也难 。 但这套基因测时理论有明显漏洞 。
第一 ， DNA分子链复制错误率是否恒定 ， 是否受环境影响？非洲现在或过去的环境是否会加快基因突变？
第二 ， 从受精卵到卵子分裂次数固定 ， 生育早意味着分裂频率高 ， 那非洲人是否更早性成熟与生育？
第三 ， 突变多种多样 ， 靠人口容纳 ， 非洲环境优越 ， 早期是否更易维持旺盛人口以储存突变？
【非洲起源说的基因学原理与漏洞】第四 ， 突变可能改变性状 ， 要适合环境才易留下 ， 故同一突变在不同环境效果有别 ， 进而影响留存几率 。 现在人类主导世界 ， 生存能力大增 ， 有办法弥补基因劣势 ， 比如不耐寒就供暖 ， 照样能在寒冷地区生活 。 但早期不耐寒突变或许仅能在暖热地带留存 ， 因此适宜的环境更易容纳突变 。
非洲起源说又认为今人线粒体全来自夏娃 。 当时其他女人也会传递线粒体 ， 除非其有缺陷 ， 被生存竞争淘汰；或者她们不能称为人 ， 后代另有进化之路 。 但人类与其他灵长类分化远比这早 ， 只能是前者 ， 也即夏娃的线粒体完美无瑕 。 如此任何基因突变都不利 ， 不突变、少突变的线粒体才优秀 ， 而其他个体不想被淘汰就得主动迁徙 ， 这样反倒在人类起源地基因更加纯粹 。
非洲起源说还推测了人祖亚当 。 女人生孩有限 ， 注定基因难扩散 ， 即便是公主、女皇 。 男人就不同 ， 若世代多妻Y染色体会指数扩张 ， 迅速散播 ， 就像王朝常让小姓变大姓 。 但也不可能在亚当一脉掌权时 ， 其他男人都不留种 ， 还是得考虑Y染色体缺陷 。
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