在与来自帝国各地的基督徒进行的一系列会议中 ， 科普特人就上帝的本性、基督徒的责任、正确的祈祷方法及宗教生活的其他诸多方面进行了辩论 。
尤其在一件事情上 ， 科普特基督徒认为他们自身是孤立的 。
许多基督徒认为 ， 既然耶稣是出生的 ， 那么一定会有一段时间他不是神 ， 也不是上帝的一部分 。
然而科普特牧师 ， 特别是亚他那修 ， 则坚持认为这种双重性观点是向多神论的倒退 。
决定性时刻出现在325年由罗马皇帝君士坦丁大帝在尼西亚组织的宗教会议上 。
在这次会议上 ， 亚历山大人取得了胜利：尼西亚信经清楚明白地阐明圣父和圣子是一体 。
这一成功更加巩固了亚历山大作为地中海文化中心的地位 。
旧神之死391年 ， 狄奥多西一世皇帝发布法令禁止人们参观异教庙宇 ， 甚至还禁止人们观看异教塑像 。 尽管这个法令在一些地方遭到忽视 ， 但是在亚历山大却得到了严格的执行 。
当时 ， 塞拉匹斯神庙仍然矗立在亚历山大的市中心 ， 金塑的神像仍然在圣殿里接受信徒们的膜拜 。
亚历山大的基督教宗主教煽动并带领一群人攻击了神庙 ， 把神像从底座上推翻 ， 并拖过街道 ， 然后烧毁 ， 以证明曾经的预言“如果神像受毁 ， 人类的末日就会降临”是错误的 。
据说这群人还放火烧毁了神庙图书馆——在亚历山大“母亲图书馆”被尤利西斯·恺撒发动的进攻烧毁之后 ， 神庙图书馆就是世界上藏有书卷最多的图书馆之一 。
宗主教接着在废墟上修建了一座教堂 。
330年 ， 君士坦丁大帝迁都到拜占庭并将其更名为君士坦丁堡（今伊斯坦布尔） 。
从那时开始 ， 亚历山大的权力逐渐削弱 。
在一个多世纪以后的451年 ， 在卡尔西顿公会议上 ， 埃及人被正式边缘化了 。
因为埃及人拒绝接受耶稣是一个人但是具有双重性这个看起来复活多神论的观点 ， 继而与其他基督教派分裂 ， 他们的宗主教被逐出教会 ， 而且不久之后 ， 亚历山大被攻陷 。
然而尽管宗教上分裂 ， 埃及仍然是拜占庭帝国的一部分 ， 被外国总督统治 ， 其命运也与帝国连在一起 。
这就造成了越来越严重的紧张情绪 ， 在查士丁尼一世统治期间（528～565年） ， 紧张状况达到顶点 。
亚历山大市民向皇帝派来的总督抛石块 ， 而总督则派军队惩罚人民来进行报复 。
629年 ， 一名信使从阿拉伯前往拜占庭觐见皇帝 。
他受一个名叫穆罕默德的人派遣去传播一种新的宗教 ， 即伊斯兰教 。
这名信使在路上被谋杀 ， 10年以后 ， 阿拉伯军队侵占了埃及 。
拜占庭之后阿拉伯人在阿慕尔将军的领导下横扫防卫不良、措手不及的埃及 ， 于巴比伦附近大败拜占庭军队 ， 发现未经一战而亚历山大城门已然大开 。
阿慕尔没有强迫埃及人信奉新的宗教 ， 却向不信奉者征税 ， 并且表现出对改信者的种种优惠 。 人们慢慢地不可避免地改信了新的宗教 ， 但这一过程到底用了多长时间 ， 目前尚存争议 。
最终 ， 一些修道院里教徒寥寥 ， 而且科普特文字及语言（法老最后的语言）也在公共场合停止使用 。
基督教团体在新都开罗以及在河谷南部到古都底比斯（卢克索）仍然是最强大的 。
基督徒也越来越多地依靠修道院 。
在诸如奈特伦洼地和尼罗河谷的一些地方 ， 修道士团体隐藏在高墙之后 ， 保留着古老的语言和古老的传统 ， 并且在他们的图书馆里保留着某些古老的智慧 。
阿拉伯人的到来大约628年 ， 新近联合起来的阿拉伯力量的领袖穆罕默德 ， 给世界上一些最有权势的人写信 ， 其中包括拜占庭帝国皇帝赫拉克利乌斯 ， 请他们信奉他的新宗教 。
皇帝拒绝了 ， 因为他从未听说过伊斯兰教 ， 而且他只是把阿拉伯人看作是在他的强大帝国边缘生活的一个微不足道的民族 。
到641年赫拉克利乌斯去世时 ， 阿拉伯军队已经征服了拜占庭帝国的大部分地区 ， 包括叙利亚和埃及的大部分地区 ， 而且当时阿拉伯人直接在埃及首都亚历山大的城墙外安营扎寨 。
胜利者埃及人已经习惯了外国入侵者 ， 但是从来没有遭遇过像阿拉伯人这样的侵略者——不仅有政治企图 ， 还带有宗教目的 。
亚历山大陷落之后 ， 阿拉伯将军阿慕尔在写给其领袖奥马尔哈里发的信中称 ， 他刚刚占领了一座城市 ， 这座城市有4000座宫殿、4000个浴室、400座剧院和12000个卖青菜的小贩 。 奥马尔可能感觉这座成熟的大型城市会有传教失败的风险 ， 便命令他的军队创建一个新的伊斯兰首都 。
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