实际上 ， 欧洲传染病的蔓延速度完全超过了殖民者向美洲大陆的推进速度 ， 那些从海岸居民口中得知欧洲人到来的印第安人 ， 多半也同时被感染上了新的疾病 。 因此 ， 当殖民者在16世纪20年代抵达智利时 ， 这里的印加文明已经遭遇上了天花的重创 ， 整个王室几乎都被瘟疫夺去了生命 。 而新的王位之争将整个国家一分为二 ， 这才使得西班牙人有可乘之机 。
对疾病的抵抗力也是当时瘟疫导致盛行的原因 。 传染疾病菌多从动物身上变异而来 ， 先传染给人 ， 然后才在人类群体中传播 。 由于欧洲农业历史悠久 ， 家畜众多 ， 在几千年来与病菌的频繁接触已经形成适应性;印第安人则不是 ， 农业的欠发达让他们先天缺乏和家畜接触的经验 ， 肌体很少遭遇此类病菌 ， 也就全然没有免疫力 ， 所以在天花面前溃不成军 。 而非洲人由于较早和欧洲人接触 ， 也拥有相似的免疫系统和抵抗力 。 而疾病的传播也可以是双向的 。 当时 ， 唯一一种从美洲传入欧洲的疾病是梅毒 ， 它夺走了大量的欧洲人的生命 。
米兰大瘟疫
（1629–1631）
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1629年至1631年 ， 意大利爆发了一系列的鼠疫 ， 通常称为米兰大瘟疫 。 包括伦巴和威尼斯 ， 此次瘟疫造成大约28万人死亡 。 米兰大瘟疫是黑死病开始后的所有流行性瘟疫中的最后一次大瘟疫 。
1629年 ， 德国和法国士兵将传染病带到意大利曼图亚 。 在三十年战争中 ， 威尼斯军队感染了疾病 ， 当他们撤退到意大利中北部时 ， 将疾病传染给了当地人 。 当时米兰总人口为13万 ， 在这次瘟疫中染病而死的人数高达6万人 。
伦敦大瘟疫
（1665-1666）
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伦敦大瘟疫是指1665年到1666年发生在英格兰的大规模瘟疫 。 在这场瘟疫中 ， 有七万五千到十万人丧生 ， 超过当时伦敦总人口的五分之一 。 它在历史上被确定为淋巴腺鼠疫(bubonic plague)引起的大面积黑死病 ， 由人通过跳蚤感染了鼠疫耶尔森菌 。 1665年这场传染病是淋巴腺鼠疫在英格兰的最后一次大规模爆发 。
瘟疫的来源有两种说法 。 一种说来自法国 ， 1665年4月 ， 两个法国海员昏倒在伦敦西区特鲁里街与朗埃克路口 ， 后来他们身上携带的病毒引起了大范围的传染 。 另一种说法是说鼠疫病毒来自荷兰 ， 这种疾病自1599年起就在荷兰当地传播了 。 瘟疫袭击的第一个地区是伦敦的圣吉尔斯教区 。 1664年底至1665年初的冬天 ， 就已经有病例在那里出现 ， 但直到1665年开春 ， 由于人口的大量增加和卫生条件的急剧恶化 ， 疾病才大规模迅速地传播开来 。 到了1665年7月 ， 瘟疫已经遍布伦敦城 。 当时的国王查尔斯二世以及他的家人都被迫离开了伦敦前往牛津郡 ， 但市长和参事仍在坚守岗位 。 而一部分神职人员、医生和药剂师也因此忙碌了整个夏天 。 满大街都是负责瘟疫的医生 ， 虽然他们当中很多人都没有执照 。
由于这场瘟疫的蔓延非常之快 ， 人们不得不将患病者所住的房子都连人封死 ， 在紧闭的大门外漆上红十字 ， 上面写上“上帝保佑”的字样 ， 严禁任何人出入 。 每天只是在限定的时间 ， 由专人从窗口送进食物和水 。 成千上万的病人就是在这种恶劣的情况下凄惨地死去 ， 最多时一周死去的就不下万人 。 时至9月上旬 ， 原来熙熙攘攘的伦敦城竟然完全变成了一座寂静的死城 。 所有的店铺关了门 ， 街上几乎看不到行人 ， 路旁长满了茂盛的杂草 。 城内唯一能够不时打破沉寂的工作 ， 便是运送尸体 。 每到夜晚 ， 运尸车“咕隆 ， 咕隆!”的车轮声和那哀婉的车铃声 ， 让人听了毛骨悚然 。 最初 ， 这项掩埋工作只是在深夜进行 ， 后来死者人数太多了 ， 不得已也在昼夜进行了 。 死者的尸体被横七竖八地装到运尸车 ， 运到各处的埋尸坑 。 在那里 ， 负责埋尸的工人们往往蒙面捂嘴 ， 摇着铃 ， 口中念着：“安息吧!”匆匆把尸体倒入坑内 ， 掩上薄土后 ， 匆忙离开 。
记录显示伦敦的死亡人数从每周1000-2000人持续上升 ， 到1665年九月 ， 平均每周已经有7000人死亡 。 到深秋时候 ， 状况得到了一定程度的控制 。 到1666年2月 ， 城市被认为安全到可以迎接国王了 。 而同时 ， 由于与欧洲大陆的商贸交流 ， 瘟疫传到了法国 。 此后直到1666年九月 ， 瘟疫仍在温和的流行 。 9月2日和3日 ， 伦敦城遭遇了一场大火 ， 烧毁了大部分遭到感染了的房屋 ， 这是状况好转的开端 。 另一个可能的原因是 ， 大部分被感染的人群都已经死亡了 。 此后伦敦城在大火的基础上重建 ， 在这场瘟疫过后又获得了的新生 。
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